南宋景炎二年 元至元十四年(1277) 元军进兵福建,蓬壶陈姓、东园蔡姓举族参加抗元,兵败后,陈姓几至灭族,蔡改姓为吴。是时,泉州府录事参军留天禄因不肯降元,全家逃回故乡留安,改姓为刘。 元至元十七年(1280) 十一月,尤永贤(达埔蓬莱人)被授为占城(今越南)、马八儿国(今印度南部)宣抚使。航行一年多至马八儿国,十九年(1282)返抵占城,刚好占城发生内乱,尤永贤及副使等30人皆遇害(据《元史》和《卿田尤氏族谱》)。 元至正二年(1342) 农历九月廿二日,暴风雨,县南象山崩塌,很多人被压死(《元史》及《福建通志》记载为至正九年七月庚寅)。 元至正五年(1345) 建天湖岩。 元至正十三年(1353) 泉州、南安闹饥荒,饿死的很多,饥民结队到永春觅食。 元至正二十年(1360) 陈占(花石人)与胡知等据占仔(在石齿山)、湖安寨反抗官兵,先后攻打兴、泉二郡。东门郑克智聚众与敌,陈占在云龙桥畔设伏,杀郑克智及其族众300余人,后陈占为元陈友定所败。
明洪武三年(1370) 惠安陈同率农民武装进击永春、德化、安溪三县。泉州卫千户姚得、龚胜率官兵4000人“围剿”,被陈同打败。 明洪武八年(1375) 正月,在城关、小姑、蓬壶等地设立社学14所。 明洪武九年(1376) 全县征兵2038人,男丁多逃散,田园抛荒8万多亩。 明洪武十二年(1379) 在太平寺东庑设僧会司,整饬全县寺庙僧尼。 明洪武十八年(1385) 建医学、阴阳学于县南三皇庙内,至明末废。 明洪武二十年(1387) 附城猛虎为灾,昼夜四出咬人。 洪武年间,阿拉伯人蒲姓后裔由泉州移居永春官田市和九十都后溪寨脚,以经营“神香”为业,“蒲庆兰神香”至今仍畅销国内外。景山李姓因私自冶铁,被抄家灭族,仅一人逃脱。 明建文四年(1402) 一都龙山群众开始用土法生产土纸。 明永乐二年(1404) 调福州左、右卫和兴化卫等三卫士兵2688名,在永春设屯田24所,共屯垦田地70804亩。 明正统十四年(1449) 沙县义军邓茂七部将陈敬德攻打德化、永春。 明成化十八年(1482) 农历七月至八月,连续发生暴风雨,洪水泛滥,民众溺死甚多。 明成化二十二年(1486) 春旱,至五月大旱,早稻失收,秋复旱。 九月廿四日,地震。 明弘治五年(1492) 漳平温文进率农民武装攻陷安溪县城后,分兵进攻永春、德化。 明正德元年(1506) 广东农民武装90人,进军永春、德化,沿途官兵不能抵挡。 明正德五年(1510) 广东农民武装再次进攻永春。 是年,从江西迁来一户渔民,在达埔养殖鲤鱼苗,为永春人工养鱼的开始。 明正德九年(1514) 汀、漳农民武装进兵永春、德化等地; 明嘉靖元年(1522) 开始设置学田。 是年秋至三年(1524)冬,广东及汀、漳农民武装先后五次进兵永春。 明嘉靖五年(1526) 知县柴镳督毁不在祀典的祠庙(淫祠),收庙产为官田、学田,全县寺庙仅存16座。 是年,聘同安林希元编修《永春县志》。从该志引述中得知在此之前曾编修过一次县志,但已散佚。 明嘉靖三十三年(1554) 聘莆东荆游续修《永春县志》(据明万历《永春县志》后序,已佚)。 明嘉靖三十九年(1560) 四月初十日,倭寇500余人从仙游流窜湖洋,十三日劫掠太平,官兵不能抵挡。五月初一日,复从仙游流窜县城,知县万以忠弃城逃跑,倭寇入城抢掠后又转掠上场、达埔、蓬壶。义士吕伯三、吕尚四组织民兵与抗,斩杀倭寇50余人,义士尤濂、许时佐追寇至徐山,负伤阵亡,倭寇向南安溃退。 六月十三日,倭寇数千人,从诗山窜入塔口隘。典史候爵统兵力拒,兵少不支,十五日县城陷,倭寇据城抢掠30余日。 是年,开始筑县城。 明嘉靖四十年(1561) 增筑县城,周长518.2丈,高1.9丈。 是年夏,蓬壶吕尚四率众起义,聚众万余人,闰五月十六日凌晨攻克永春县城,活捉知县林万春,乘胜攻安溪、南安、仙游、德化各县。后被德化知县张大纲用计击溃,吕尚四战斗到力尽被害,但其部属吕尚二等仍坚持斗争,至嘉靖四十六年始告失败。 明嘉靖四十一年(1562) 三月,倭寇勾结晋江谢爱夫等率众数千人从南安入寇留安、榜头,并围攻县城。训导吕狱率兵民坚壁拒守,相持20余日,后得太平李子元、湖洋黄光甫率兵民救援,倭寇始遁入南安。 十二月,广东陈绍禄率农民武装3000余人,由安溪、永春到德化,后被官兵招抚。 明嘉靖四十三年(1564) 广东大埔人蓝松山、余大春率农民武装进抵永春,与香寮客苏阿普、范继祖等会合(香寮地名,在今漳平),联兵进攻德化。 明隆庆元年(1567) 正月廿九日酉时,地震,四五都歧山崩塌,压死9人。 是年,倭寇自仙游窜犯湖洋,被黄光甫击败,为祸永春达八年之久的倭患至此平息。 明万历二年(1574) 玉斗、凤溪群众用土法开采铝锌矿。 明万历四年(1576) 知县许兼善聘晋江朱安期重修《永春县志》。 明万历十五年(1587) 赵天王在小姑南山庵聚众起义,不久失败。 明万历三十二年(1604) 十一月初九日,南日岛大地震,波及永春,损失很大。 是年,永春知县梁道凝、德化知县俞思冲奉令率兵丁衙役封闭凤溪、铅坑等铅矿。 明万历三十五年(1607) 建尊经阁。 明万历四十七年(1619) 林君泽、张心吾、黄明夏等聚众在丘峰岩起义,被官兵“剿平”。 明崇祯十五年(1642) 南安林良顺率农民武装5000余人进兵永春、德化。是年,仙游林隆率农民武装攻入永春湖洋。 明崇祯十六年(1643) 林尔涵、林从、王国志等在姜仑聚众500余人起义,被官兵“剿平”。