南宋景炎二年 元至元十四年（1277） 元军进兵福建，蓬壶陈姓、东园蔡姓举族参加抗元，兵败后，陈姓几至灭族，蔡改姓为吴。是时，泉州府录事参军留天禄因不肯降元，全家逃回故乡留安，改姓为刘。 元至元十七年（1280） 十一月，尤永贤（达埔蓬莱人）被授为占城（今越南）、马八儿国（今印度南部）宣抚使。航行一年多至马八儿国，十九年（1282）返抵占城，刚好占城发生内乱，尤永贤及副使等30人皆遇害（据《元史》和《卿田尤氏族谱》）。 元至正二年（1342） 农历九月廿二日，暴风雨，县南象山崩塌，很多人被压死（《元史》及《福建通志》记载为至正九年七月庚寅）。 元至正五年（1345） 建天湖岩。 元至正十三年（1353） 泉州、南安闹饥荒，饿死的很多，饥民结队到永春觅食。 元至正二十年（1360） 陈占（花石人）与胡知等据占仔（在石齿山）、湖安寨反抗官兵，先后攻打兴、泉二郡。东门郑克智聚众与敌，陈占在云龙桥畔设伏，杀郑克智及其族众300余人，后陈占为元陈友定所败。
明洪武三年（1370） 惠安陈同率农民武装进击永春、德化、安溪三县。泉州卫千户姚得、龚胜率官兵4000人“围剿”，被陈同打败。 明洪武八年（1375） 正月，在城关、小姑、蓬壶等地设立社学14所。 明洪武九年（1376） 全县征兵2038人，男丁多逃散，田园抛荒8万多亩。 明洪武十二年（1379） 在太平寺东庑设僧会司，整饬全县寺庙僧尼。 明洪武十八年（1385） 建医学、阴阳学于县南三皇庙内，至明末废。 明洪武二十年（1387） 附城猛虎为灾，昼夜四出咬人。 洪武年间，阿拉伯人蒲姓后裔由泉州移居永春官田市和九十都后溪寨脚，以经营“神香”为业，“蒲庆兰神香”至今仍畅销国内外。景山李姓因私自冶铁，被抄家灭族，仅一人逃脱。 明建文四年（1402） 一都龙山群众开始用土法生产土纸。 明永乐二年（1404） 调福州左、右卫和兴化卫等三卫士兵2688名，在永春设屯田24所，共屯垦田地70804亩。 明正统十四年（1449） 沙县义军邓茂七部将陈敬德攻打德化、永春。 明成化十八年（1482） 农历七月至八月，连续发生暴风雨，洪水泛滥，民众溺死甚多。 明成化二十二年（1486） 春旱，至五月大旱，早稻失收，秋复旱。 九月廿四日，地震。 明弘治五年（1492） 漳平温文进率农民武装攻陷安溪县城后，分兵进攻永春、德化。 明正德元年（1506） 广东农民武装90人，进军永春、德化，沿途官兵不能抵挡。 明正德五年（1510） 广东农民武装再次进攻永春。 是年，从江西迁来一户渔民，在达埔养殖鲤鱼苗，为永春人工养鱼的开始。 明正德九年（1514） 汀、漳农民武装进兵永春、德化等地； 明嘉靖元年（1522） 开始设置学田。 是年秋至三年（1524）冬，广东及汀、漳农民武装先后五次进兵永春。 明嘉靖五年（1526） 知县柴镳督毁不在祀典的祠庙（淫祠），收庙产为官田、学田，全县寺庙仅存16座。 是年，聘同安林希元编修《永春县志》。从该志引述中得知在此之前曾编修过一次县志，但已散佚。 明嘉靖三十三年（1554） 聘莆东荆游续修《永春县志》（据明万历《永春县志》后序，已佚）。 明嘉靖三十九年（1560） 四月初十日，倭寇500余人从仙游流窜湖洋，十三日劫掠太平，官兵不能抵挡。五月初一日，复从仙游流窜县城，知县万以忠弃城逃跑，倭寇入城抢掠后又转掠上场、达埔、蓬壶。义士吕伯三、吕尚四组织民兵与抗，斩杀倭寇50余人，义士尤濂、许时佐追寇至徐山，负伤阵亡，倭寇向南安溃退。 六月十三日，倭寇数千人，从诗山窜入塔口隘。典史候爵统兵力拒，兵少不支，十五日县城陷，倭寇据城抢掠30余日。 是年，开始筑县城。 明嘉靖四十年（1561） 增筑县城，周长518．2丈，高1．9丈。 是年夏，蓬壶吕尚四率众起义，聚众万余人，闰五月十六日凌晨攻克永春县城，活捉知县林万春，乘胜攻安溪、南安、仙游、德化各县。后被德化知县张大纲用计击溃，吕尚四战斗到力尽被害，但其部属吕尚二等仍坚持斗争，至嘉靖四十六年始告失败。 明嘉靖四十一年（1562） 三月，倭寇勾结晋江谢爱夫等率众数千人从南安入寇留安、榜头，并围攻县城。训导吕狱率兵民坚壁拒守，相持20余日，后得太平李子元、湖洋黄光甫率兵民救援，倭寇始遁入南安。 十二月，广东陈绍禄率农民武装3000余人，由安溪、永春到德化，后被官兵招抚。 明嘉靖四十三年（1564） 广东大埔人蓝松山、余大春率农民武装进抵永春，与香寮客苏阿普、范继祖等会合（香寮地名，在今漳平），联兵进攻德化。 明隆庆元年（1567） 正月廿九日酉时，地震，四五都歧山崩塌，压死9人。 是年，倭寇自仙游窜犯湖洋，被黄光甫击败，为祸永春达八年之久的倭患至此平息。 明万历二年（1574） 玉斗、凤溪群众用土法开采铝锌矿。 明万历四年（1576） 知县许兼善聘晋江朱安期重修《永春县志》。 明万历十五年（1587） 赵天王在小姑南山庵聚众起义，不久失败。 明万历三十二年（1604） 十一月初九日，南日岛大地震，波及永春，损失很大。 是年，永春知县梁道凝、德化知县俞思冲奉令率兵丁衙役封闭凤溪、铅坑等铅矿。 明万历三十五年（1607） 建尊经阁。 明万历四十七年（1619） 林君泽、张心吾、黄明夏等聚众在丘峰岩起义，被官兵“剿平”。 明崇祯十五年（1642） 南安林良顺率农民武装5000余人进兵永春、德化。是年，仙游林隆率农民武装攻入永春湖洋。 明崇祯十六年（1643） 林尔涵、林从、王国志等在姜仑聚众500余人起义，被官兵“剿平”。