清顺治三年（1646）  清将贝勒博洛进兵永春，知县唐朝卿迎降。贝勒委任颜上观为典史，代理县事。  是年，南安杜声闻率兵攻永春，打死防守官涂隆。  清顺治四年（1647）  八月，因知县潘际昌横征暴敛，永春人民奋起反抗，联合大田林良部众围攻县城，十二月初三日城破，杀潘际昌及训导胡万鉴。  清顺治五年（1648）  春，十九都农民陈邦哲率众起义，攻破湖洋堡与月城堡，没收豪绅财产散给农民。后邦哲兵败被捕，惨遭磔刑。  三月，大田曾省率众攻永春，杀死千总郑允志。八月，再次攻陷永春，至十一月为清将马梦隆击败。  四月，庠生杨为黻率抗清队伍攻漳平，杀死防守官张奇、卢泗等。  清顺治六年（1649）  林忠（县西双坑人）、林日胜（蓬壶人）各聚众数千响应郑成功抗清。  林忠与介福郑世雄、郑世英等聚众抗清，先后攻克永春、德化、尤溪、大田、永福（今永泰）等县部分地区，郑成功封林忠为平定伯。浙闽总督李率泰在其揭帖中称林忠“盘踞于万山叠岭之中，路通五府，梗化十年，与海逆相为表里”。顺治十四年八月，林忠兵败投降。  林日胜与其侄林兴珠聚众抗清，郑成功封日胜为伯爵，使统辖永春、德化、大田等十八寨抗清队伍。顺治十三年秋，兵败投降。后兴珠奉康熙帝命率福建藤牌兵在雅克萨反击沙俄侵略者，事详《林兴珠传》。  清顺治七年（1650）  八月，清将马得功率兵入永春，清乡烧杀。九月初一日，乘大雾围攻西卿寨，杀死陈氏一家100余口。初六日又攻入福鼎寨。  清顺治十年（1653）  十月廿八日，郑成功镇将黄恺率兵入永春，攻破伯兴寨，屠杀90多人，并掳人勒赎。黄恺后被郑成功处斩。  清顺治十三年（1656）  正月，大雪，低地积雪厚五尺。  清康熙元年（1662）  江姓群众在天湖山铅坑开采石灰矿。  清康熙十三年（1674）  正月，郑经部将薛进思进兵永春，知县武怡弃城逃跑，郑经委派郑时英为知县。蓬壶吕华据马跳对抗，相持三个月，后兵败被杀。  清康熙十五年（1676）  四月，全县洪水为灾，被淹死者无数。  清康熙十七年（1678）  七月，郑经部将刘国轩引兵入永春、德化。八月，清兵至始退。  清康熙二十三年（1684）  知县郑功勋聘漳浦蔡祚周和邑人宋祖墀重修《永春县志》。  清康熙五十年（1711）  大饥荒，粮商富户屯粮不出售。永春、德化联界地方，爆发以陈五显、张振、王富、苏标等为首的农民起义。后在官兵四面合围下，先后归抚，被解送京师杀害，详见《军事志》。  清康熙六十年（1721）  五月，陈洛、郑坚聚众在天湖岩起义，以响应台湾朱一贵起义，陈、郑失败后被捕送省城杀害。  清雍正八年（1730）  续修《永春县志》（已佚）。  清雍正十二年（1734）  升永春县为直隶州，辖德化、大田两县。  清乾隆七年（1742）  大旱，三月至五月不雨，早稻歉收。  清乾隆十二年（1747）  在县城西修筑卫城坝（即西坝）。至十六年被洪水冲毁，二十年重修。  清乾隆十七年（1752）  建试院。  是年，城郊郑、陈两姓发生械斗，知州杜昌丁（有传）被停职听候参调。  清乾隆二十二年（1757）  知州杜昌丁聘永福人黄任编修《永春州志》。  清乾隆三十一年（1766）  建梅峰书院（今永春第一中学所在地）。  清乾隆四十七年（1782）  重建文峰塔（今留安塔，原塔建于明初，万历二年被拆除）。  清乾隆四十九年（1784）  四月，桃溪洪水覆舟，溺死20多人。  清乾隆五十二年（1787）  知州郑一崧聘颜□重修《永春州志》。  清嘉庆七年至十二年（1802—1807）  城郊周、郑、李、邱、蔡、刘等姓宗派械斗连年不休，受害家属纷纷上告。刚好举人刘启运赴试，清朝廷将其捕杀以平息械斗。  清道光九年（1829）  永春州人口118980户，506258人。其中永春有73764户，297341人。  清道光二十年（1840）  林则徐在广东查禁鸦片，永春民间出现用迷信形式戒除烟毒的活动，称为“拜仙伯”，用茶叶及中草药制成药水，饮用戒烟。  清道光二十一年（1841）  七月，城郊邱、郑等姓发生宗族械斗，烧毁很多民房。  清道光二十八年（1848）  丰山村陈应谋开始从马六甲为华侨捎带书信银钱回国（俗称“水客”）。  清咸丰三年（1853）  三月，州学训导翁宗琳奉命创办团练以防“会匪”。  四月，霞陵村武生林俊领导农民起义，先后破七县（德化、永安、大田、尤溪、沙县、永春、仙游），攻三府（兴化、泉州、延平），太平天国曾封林俊为烈王三千岁，事详《林俊传》。六月，练总邱公立诱捕林俊的父亲捷云，知州崔洲素与捷云有往来，怕被株连，杀捷云以灭口。  八月，林俊攻克永春州城，打死游击恒动、都司暨青云。  十一月，林俊大败清兵于虎豹关，打死游击王应选、都司苏起鳌。  十二月，林俊屯兵福鼎帽顶寨，总兵钟宝三率官兵5000人分三路围攻，不克。  清咸丰四年（1854）  三月，林俊率起义兵由帽顶寨转移至南安八都炉内乡。  是年，城郊姚、郑两姓发生宗族械斗，双方各死伤10余人。  清咸丰五年（1855）  六月，林俊在永春、南安交界的云峰山活动。十二月，清军前往“围剿”，血洗云峰村。  清咸丰十一年（1861）  旱、虫灾，大饥荒。代理知州陶绶锦下乡至西向，被村民击毙，事发后株累甚众。  是年，城郊各姓又发生宗族械斗。  清同治元年（1862）  建丰岑头街道。  清同治三年（1864）  刘光居与南安人谢险聚众据鹤山寨，活动于永春、德化、大田之间。知州周式濂用反间计诱杀刘光居，谢险走脱，至福州被杀。  清同治四年（1865）  在城隍庙东设立厘捐总局，征收“厘金”，激起民变。上场颜必魁带领民众进行抗捐斗争，纵火烧毁总局。闽浙总督左宗棠派兵备道朱明亮率“湘勇”入永“剿办”。八月十八日，“湘勇”围攻上场堡，杀戮数十人，堡被毁，上场、东山、社山、石鼓等村颜姓房屋被烧毁几尽。知州周式濂主张安抚，被革职，披枷带锁解送省城查办。  清同治六年（1867）  基督教传入永春，先后在湖洋和街尾新路头建立教堂。  清同治十二年（1873）  铅坑采石灰工人开始用无烟煤烧煅石灰。  清光绪三年（1877）  黄日兴在厦门开设民信局，是永春人经营的第一家侨汇业。  清光绪十四年（1888）  基督教英长老会在街尾租用民房开办永春医馆（十九年在真武殿购地建新医馆，二十一年建成迁入）。  清光绪十七年（1891）  知州刘朝缙因德化县爆发陈拱领导的农民抗盐税斗争被革职，福建陆路提督孙开华调兵“剿办”，在州城驻兵一营。  清光绪十八年（1892）  冬，大雪三日半，低地积雪二尺多。  清光绪二十年（1894）  城郊发现鼠疫。  清光绪二十三年（1897）  夏秋之交，洪水成灾，仅湖洋济尾桥一带被漂流民房30余间。  清光绪二十四年（1898）  基督教英长老会和永春旅外侨胞捐资创办育贤小学堂。  清光绪二十六年（1800）  大饥荒，陈旺与德化王寮昌准备聚众起义，事泄被害。  清光绪二十八年（1902）  五月十日，基督教美以美会在五里街开办华美学堂（民国七年改称崇实中西学校）。  七月初七日，暴风雨，湖洋、高阳山洪暴发，漂走数十人，冲毁房屋数十间。  是年，在五里街吴厝宅（俗称六甲二）开办邮局。  清光绪三十二年（1906）  在梅峰书院设立永春州中学堂。  是年，在旧学署内明伦堂开办官立小学堂（今桃城小学）。华侨捐资创办新智（在今儒林村）、文明（在今华岩村）等小学堂。  永春医馆购进10千瓦直流发电机一台，用8马力柴油机带动发电，供该馆照明及爱克斯光放射室用电。  清宣统三年（1911）  十月，武昌起义，全国响应。十一月，福建省参事兼闽南安抚使宋渊源（有传）带保安队回永春安抚，宣布永春光复。  是年，马来亚华侨颜穆闻（有传）投资银元3万多元，兴办北硿种植公司。